Het verhaal begint met kira yamato die op heliopolis een vredig leven lijdt,
ook als is er een oorlog tussen de alliance en de plants aanwezig is.
Beide groepen zijn hevig met elkaar in strijdt
De plants bestaan uit koloniën uit de ruimte met als inwoners de coordinaters (Gemodificeerde mensen)
en de alliance uit niet-aangepaste mensen genaamd de narutals mensen zoals jij en ik.
desondanks de gehele oorlog, is de orb union netraal waaronder heliopolis.
Dit verandert gauw doordat Raw Le Creuset heliopolis met een comando groep heliopolis gaat aanvallen wegens ontwikkelingen van nieuwe soorten mobile suits (mecha's)
hierin slagen ze in op één model na die in bezit is van kira yamato.
In de commande groep zit ook athrun zalha die een oude vriend is van kira die in bezitting is van de gundam Aegis
Ze zullen elkaar vaak zien niet als vriend maar als vijand op het slag veld
Jeffry uffink